BMTME

贝叶斯多性状多环境基因组选择 - 同时分析多个性状和环境的先进基因组预测工具

支持多性状联合预测,考虑环境互作效应,提升预测精度

预计耗时: 15-60分钟
已使用: 156次
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数据输入

30个体 × 3性状 × 3环境 = 270观测值

表型数据 基因型数据
适合多性状多环境预测

30个体 × 3性状 × 2环境 = 180观测值

表型数据 基因型数据
适合多性状预测研究

30个体 × 1性状 × 6环境 = 180观测值

表型数据 仅表型
适合多环境效应研究

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分析类型选择

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CV0 - 新个体新环境预测
  • 最具挑战性的预测场景,同时预测新个体在新环境中的表现
  • 适用于全新品种在未测试环境下的性能评估
  • 需要充分的多性状多环境训练数据支持
BMTME分析参数

配置贝叶斯MCMC采样和模型拟合参数

MCMC采样参数
默认: 1000, 范围: 100-50000
默认: 300, 通常为nIter的20-30%
模型配置参数
自动: ceiling(nGenotypes/6)
交叉验证参数
计算配置
多核处理可显著提升分析速度
快速参数预设
快速测试: 少量迭代,适合参数调试 | 标准分析: 平衡速度和精度 | 高精度分析: 更多迭代,获得最佳结果
数据格式要求
表型数据格式
IDTrait1Trait2Env
Ind125.318.7Env1
Ind223.119.2Env1
  • 第一列: 个体ID (唯一标识符)
  • 中间列: 各性状的数值
  • 最后列: 环境标识符
基因型数据格式 (可选)
IDSNP1SNP2SNP3...
Ind1012...
Ind2120...
  • 第一列: 个体ID (与表型数据对应)
  • 其余列: SNP标记 (0/1/2编码)
  • 缺失值用NA表示
关于BMTME

BMTME是贝叶斯多性状多环境分析工具,专门用于基因组选择研究。通过同时分析多个性状在不同环境下的表现,提供更准确的预测结果。

核心优势:考虑性状间相关性和基因型×环境互作效应,显著提高预测精度。
多性状联合建模
多环境效应考量
贝叶斯推理方法
并行高效计算
适用场景
  • 多性状基因组预测
  • 环境互作效应分析
  • 新品种性能预测
GitHub项目