Hibayes

高效贝叶斯基因组选择工具，支持多种贝叶斯模型和大规模数据分析

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数据输入

拖放基因型文件或点击上传

支持 PLINK (.bed/.bim/.fam), VCF, CSV 等格式

拖放表型文件或点击上传

包含个体ID和表型值的文本文件

拖放协变量文件或点击上传

如环境因子（温度、湿度）、田间区组、处理方式等，需与个体ID对应，文本格式（.txt/.csv）。
模型参数
BayesB 模型简介：
  • 智能筛选少数重要的基因标记，大部分标记效应为零
  • 每个有效标记都有独立的效应方差，精确建模
  • 通过 pi 参数控制有效标记的比例
  • 特别适合少数大效应基因控制的性状
手动设定有效标记比例，适合已知遗传结构的性状
模型自动估计最佳比例，适合未知遗传结构的性状
pi 值越大，模型选择的有效标记越少
基因组窗口大小影响效应定位精度

拖放SNP注释文件或点击上传

包含SNP位置信息的文本文件
标准精度：迭代20,000次，预热10,000次，采样间隔10次，平衡速度和准确性
根据计算机性能选择
保证结果可重复
进度输出频率
交叉验证
关于 bayesa

Hibayes 是一个高效的贝叶斯基因组选择R包，专门用于大规模SNP数据的基因组预测分析。

  • 支持多种贝叶斯模型 (BayesA/B/C/R/L)
  • 高效的MCMC算法实现
  • 并行计算加速
  • 基因组窗口分析
  • 交叉验证预测精度
数据格式
用户需上传的数据：
  • 基因型数据文件（M）：支持 PLINK (.bed/.bim/.fam)、VCF (.vcf/.vcf.gz)、数值矩阵 (0/1/2编码) 格式，需包含所有分析个体的SNP信息。
  • 表型数据文件（data）：需包含个体ID和表型值，支持多性状，文本格式（.txt/.csv），第一列为个体ID，第二列及以后为性状值。
  • 协变量/固定效应文件（可选）：如环境因子（温度、湿度）、田间区组、处理方式等，需与个体ID对应，文本格式（.txt/.csv）。
  • SNP注释文件（map，可选）：如需窗口分析，需包含SNP位置信息，文本格式（.txt/.csv）。

基因型数据:

  • PLINK格式 (.bed/.bim/.fam)
  • VCF格式 (.vcf/.vcf.gz)
  • 数值矩阵 (0/1/2编码)

表型数据:

  • 制表符或逗号分隔
  • 第一列：个体ID
  • 第二列：表型值
资源估算
1万个体 × 5万标记: ~2GB 内存
2万迭代 × 4线程: ~10分钟
输出文件大小: ~100MB